1. 滅菌器應安裝在手術潔凈區，并與四周墻體保持足夠距離（一般大于10m）。同時，滅菌器應置于水平地面上，距離墻壁10公分左右，以利通風散熱。

2. 滅菌前須將滅菌對象清潔、充分干燥。因為過氧化氫的穿透力很弱，液態水會阻礙過氧化氫與器械表面接觸，造成滅菌失敗。

3. 某些物品不能使用低溫等離子滅菌，如帶盲端的細長導管、長度大于2m或內徑小于1mm的管腔類器械、植物纖維制品、液體、油劑及粉末等。

4. 包裝須使用專用包裝袋或聚丙烯無紡布，不可重復使用。包裝時應減少或停止使用額外材料（底層防護墊、器械保護套），否則會影響滅菌效果。

5. 滅菌物品的放置應有利于過氧化氫的穿透，不可堆疊。并且，滅菌物品必須充分干燥。

6. 滅菌時的關鍵參數主要是溫度（45-55度之間）、時間（一次循環約32分鐘，二次循環約45分鐘）以及滅菌艙內等離子的濃度（6毫克/L）。

7. 滅菌結束后，取出物品時應注意安全，避免過氧化氫殘留對皮膚造成傷害。

此外，還需要注意過氧化氫的儲存條件，應儲存于通風良好、干燥陰涼、溫度低于25℃的環境，并遠離可燃物、重金屬、催化金屬化合物、熱源、火源等。